Пол Маккартни и Ринго Старр после выпуска Anthology вернулись к сольным проектам. Джорджу Харрисону записывать новые песни уже не хотелось. На ТВ Джордж в 1997 году прорекламировал альбом Chants Of India, после чего ни разу не появился ни в одной телестудии. В январе 1998 года на похоронах Карла Перкинса Харрисон исполнил его песню Your True Love. Позже, в том же году Джордж принял участие в записи нового альбома Ринго Старра.

Такой относительно закрытый образ жизни Джорджа объясняется тем, что врачи обнаружили у него раковую опухоль. Была проведена операция, в результате которой была удалена часть лёгкого и гортани. В таком состоянии ни о какой концертной деятельности не могло быть и речи. Джордж мог себе дома позволить помузицировать в своё удовольствие, но не более того. У него накопился материал из написанных, но не изданные песен, однако Харрисон не торопился доделывать их в студии. Как настоящий буддист, он знал, что всему своё время.

30 декабря 1999 года на Джорджа Харрисона напал некто Майкл Абрам и нанёс несколько ножевых ранений в область груди. Ни одно из них не оказалось смертельным. В этом плане Джорджу Харрисону повезло, в отличие от Джона Леннона. Джону убийца шансов выжить не оставил. Абрама признали сумасшедшим и посадили в тюрьму. Очень может быть, что нанесённые раны сказались и на последствиях лечения раковой опухоли. Весной 2001 года врачи обнаружили у Джорджа раковую опухоль мозга. Опухоль оказалась злокачественной и неоперабельной.

Несмотря на все невзгоды, Джордж принял решение работать столько, сколько ему отведено свыше. Он участвовал в записи альбома Zoom группы Джефа Линна Electric Light Orchestra и вместе со своим сыном Дхани записывал песни для своего последнего альбома. Последний раз в студии Джордж Харрисон был 2 октября 2001 года.

Джордж всё-таки прошёл курсы химиотерапии, сначала в Швейцарии, потом в США. Но положительных результатов они не дали. В Швейцарии Джорджа навестил Ринго Старр. Ринго вынужден был провести у Джорджа мало времени, так как у его дочери обнаружили рак гортани. Сам Джордж на тот момент уже не мог ходить. Так что Джордж и Ринго виделись в Швейцарии последний раз. 

После того, как Харрисон вернулся в Нью-Йорк, к нему прилетела сестра Луиза. До болезни Джорджа они не виделись около 10 лет. Но теперь, когда жить брату оставалось совсем мало времени, Луиза не могла не навестить брата. Все обиды были прощены, и расстались они по-родственному.

Последние дни своей жизни Джордж Харрисон провёл не у себя, а в доме Пола Маккартни. Пол и Джордж были ещё и друзьями детства. Они познакомились ещё в 1954 года, за два года то того, как Пол впервые увидел Джона Леннона. Пол и Джордж учились в одной школе и добирались до неё в одном автобусе. Там они впервые и разговорились. Полу было тогда 12 лет, Джорджу 11. Ни о какой музыке они тогда ещё не думали и не мечтали. Гитары вошли в их жизнь позже, и у каждого был свой путь к освоению инструмента. Но вот эти детские первые ощущения от общения Пол и Джордж сохранили на всю жизнь. После того, как был убит Джон Леннон, Пол Маккартни не исполнял на своих концертах его песни. Но вот после того, как умер Джордж Харрисон, Пол поёт одну песню Джона и одну песню Джорджа.

Сердце Джорджа Харрисона остановилось 29 ноября 2001 года в 13.30 по местному времени. Ему на тот момент не исполнилось ещё и 59 лет. В таком же возрасте умерла мама Джорджа, и тоже от рака. От рака скончался и его отец в 1978 году. Согласно завещанию, по буддийским канонам, прах Джорджа Харрисона был развеян над священной рекой Ганг.

На следующий день после смерти Джорджа, 30 ноября 2001 года, в Ливерпуле был приспущен государственный флаг Британии, а в Лондоне гвардейский оркестр исполнял мелодии The Beatles. Память Джона Леннона таких почестей не была удостоена. Сотрудники студии Abbey Road весь день транслировали песни из альбома All Things Must Pass. Динамики стояли прямо на улице возле дверей студии.

Свой последний альбом Джордж Харрисон не успел закончить при жизни. Его работу довели до конца сын Дхани и Джефф Линн. Информацией о том, что альбом готовится, Джордж поделился в одном из интервью 1999 года. Тогда он планировал дать альбому название Portrait Of A Leg End. Но события, которые случились позже в жизни Джорджа, заставили его дать альбому иное название. Окончательный вариант – Brainwashed. Он вышел 18 ноября 2002 года.

В альбом вошли 12 песен, которые Джордж записывал, начиная с 1988 года. Any Road открывает альбом. Эта песня Харрисона стала последней, которая была издана на сингле. В Британии она поднялась на 37 место. На публике Джордж исполнил её только один раз в 1997 году. Как потом оказалось, это было последнее публичное выступление Джорджа.

Единственная песня альбома, которую написал не Джордж, называется Between The Devil And The Deep Blue Sea. Первое её исполнение датируется 1931 годом. Песню часто записывали разные исполнители. До Харрисона её спел Крис Ри на своём альбоме Espresso Logic в 1993 году.

А ещё раньше, в 1989, Эрик Клэптон выпустил альбом Journeyman, на котором была песня Джорджа Run So Far. На альбоме Харрисона эта песня представлена в укороченном варианте, без третьего куплета. Стоит отметить ещё одну песню альбома, Marwa Blues, которая в 2004 году получила премию Грэмми за лучшее инструментальное исполнение в поп-музыке.

Brainwashed критики встретили благожелательно. Никто и не посмел бы иначе сказать о творчестве человека, которого уже нет в живых. В США альбом занял 18 место в хит-парадах, получив золотой статус. В Британии чуть хуже, всего 29 место. Сложно сказать, как развивались бы события, если бы Джордж Харрисон остался бы жив. Скорее всего, в таком виде, и в такое время он не был бы издан.

В 2004 году были переизданы альбомы Джорджа, выходившие на студии Dark Horse, кроме сборного альбома 1989 года. Переизданные альбомы содержали бонусы, а альбом Somewhere In England 1981 года вышел с обложкой, которая планировалась изначально. Также в бок-сет были включены клипы, снятые на песни Харррисона. Ещё один, третий сборный альбом Let It Roll, вышел 16 июня 2009 года. На нём были собраны самые популярные песни Джорджа за весь период его сольной карьеры, включая те, которые были записаны для кино, и не были изданы на сольных альбомах. Позже издавались студийные демо – и сессионные записи Джорлжа. Их содержание, скорее всего, интересно только самым преданным поклонникам творчества The Beatles.

Популярность Джорджа Харрисона никогда не была такой большой, как у Пола Маккартни или Джона Леннона, но без него The Beatles никогда не стали тем, кем они стали. Именно с приходом Джорджа сложился костяк группы, именно Джордж на соло гитаре выводил мелодии, сочинённые Джоном и Полом. Пита Беста и Ринго Старра предложил пригласить в группу именно Джордж. Он умел играть на 28 инструментах, и разнообразил рок-музыку The Beatles игрой на многих из них. Одним словом, если бы не было бы Джорджа Харрисона, то всё случилось бы совсем иначе. Но история не знает сослагательного наклонения.